La Universidad Politécnica de Cuautitlán Izcalli inició actividades el 2 de septiembre de 2013 en instalaciones temporales ubicadas en Espejo de Lirios, Colonia Cumbria, con el apoyo de la Universidad Politécnica del Valle de México y del H. Ayuntamiento Municipal de Cuautitlán Izcalli para atender a los 163 estudiantes que formaron parte de la primera generación de esta institución.
El 13 de enero de 2014, se publicó en la Gaceta de Gobierno del Estado de México, el decreto de creación de la universidad. El Mtro. Alberto Sánchez Flores, entonces Rector de la UPVM, estuvo a cargo del Despacho de la Rectoría.
El Lcdo. Constantino Acosta Dávila, fue el primer Rector a partir del 16 de agosto de 2014 y estuvo a cargo de la institución hasta el 18 de enero de 2016; durante su administración, se creó el lema de la universidad, “Training good people, creating great professionals” con el cual se fortalece la idea de que por encima de un título o cargo, existe una persona íntegra quien es la que da el valor a ese título. Después de un breve paso, por otras instalaciones provisionales ubicadas en el Centro Urbano de Cuautitlán Izcalli, en marzo de 2015, la comunidad universitaria se trasladó a su primer edificio ubicado en la zona de Tepojaco dentro del mismo municipio.
En agosto de 2015, se autorizó la primera estructura orgánica de administración de la UPCI, consistiendo en una Rectoría, una Subdirección Académica y cuatro Jefaturas de Departamento.
El Lcdo. Rogelio Alfonso García Bonilla fue nombrado Rector el 18 de enero de 2016 y durante su gestión se desarrollaron diversas actividades institucionales de gran impacto, como fueron: la visita del embajador de Sudáfrica en México, la participación de la embajada de Estados Unidos, la visita de la Decana de la universidad de Macewan, Canadá, por mencionar sólo algunos.
El Mtro. Jorge Rojas Sánchez fue nombrado Rector el 12 de julio de 2017 y continúa con él, el proceso de consolidación del Modelo BIS y el apoyo a la preparación de la plantilla docente; en septiembre de 2017 el Edificio de Docencia 1 fue inaugurado en la zona de Tepojaco, del Municipio de Cuautitlán Izcalli.
El Dr. José Francisco Monroy Gaytán fue nombrado Rector de febrero del 2018 donde se puede resaltar la participación de los estudiantes en el spelling bee y las Conferencias por parte de: Mohammad Tachi Hossen, Embajador de Irán y Tasawar Kham, Embajador de Pakistán, en beneficio de la comunidad universitaria.
La Mtra. Teresa Lizet Martínez Plata fue nombrada Rectora en septiembre de 2019, hasta enero de 2024, en la gestión de la Maestra, fueron inaugurados por el Lcdo. Alfredo Mazo Maza, Gobernador del Estado de México, el Edificio de Laboratorios Pesados y, el Centro de Información y Documentación, beneficiando de esta forma a la comunidad UPCI para el desarrollo de prácticas, proyectos y consulta bibliográfica.
Actualmente se encuentra al frente de la UPCI el Mtro. Rafael Adolfo Núñez González, con la visión de desarrollo y crecimiento de la matrícula, la calidad en los programas educativos y fortalecerá en todo momento: el bilingüismo, la internalización y el desarrollo de proyectos sustentables.